Se puede instalar un kernel en .deb? y si es así que diferencia tiene de la compilación?
o obligatoriamente tengo que descargar el source y compilarlo?
Esta el la fuente de donde creo que se descarga http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/l/linux/
quiero instalar el kernel 2.6.28 en un sistema ubuntu 8.10, i486.

Yo creo que si, porque lo
Yo creo que si, porque lo que hace el synaptic es descarse el .deb y luego instalarlo.
Lo que pasa que tendrás que asegurarte que ese kernel sea para tu PC (no puedes bajarte un kernel de amd64 e instalarlo en una maquina de 32 bits por ejemplo).
La diferencia entre ese kernel y compilarlo tu mismo es la misma que los kernels que te instalas con synaptic o aptitude. estos kernels, son kernels precompilados y traen la configuración más optima para la mayoria de los ordenadores. Sin embargo si tu te compilas tu propio kernel podrás adaptarlo perfectamente a tu PC y a tus necesidades. Siempre y cuando tengas los conocimientos necesarios para hacerlo (yo lo intente un par de veces y siempre obtuve el famoso "Kernel panic")
Y que diferencia tengo si me
Y que diferencia tengo si me descargo el source desde esa pagina (oficial de ubuntu, creo), a la de www.kernel.org ?
es el mismo kernel? o tiene unas mejorias para el sistema ubuntu?
Las versiones para Ubuntu
Las versiones para Ubuntu tienen con seguridad algún parche (no podría darte detalles). Además hay un montón (pero un muntón muy grande) de opciones de compilación que se pueden escoger.
Por otro lado no creo que exista un paquete .deb de la versión 2.6.28 para Intrepid, al menos no hay ninguno oficial. Así que cuidado con lo que instalas.