Instalación de archivos .jar

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Hola, instale un programa de análisis de imágenes llamado Imagej del NIH, este programa trabaja basado en Java y tiene muchísimos plugins, éstos están con terminación de archivo .jar, en la página oficial de dicho programa mencionan que para instalar estos plugins hay que descargarlos a la carpeta de plugins o de archivos .jar de la carpeta del programa, en Windows se puede hacer esto porque existe dicha carpeta, sin embargo en Ubuntu 12.04 no hay este sistema de carpetas, por lo que necesito saber como puedo instalarlo, muchas gracias por sus respuestas de antemano.

Les dejo los links de la página del programa para que los chequen:

http://rsb.info.nih.gov/ij/
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html

Gracias de nuevo

Imagen de anselo
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Hola Ghost Sniper:
Cuando te descargas la aplicación, viene empaquetada: ij146-x86.tar.gz
Hazle clic-derecho / extraer aquí
Entras al directorio que te ha creado y allí tienes, entre otras, la carpeta de plugins

Como verás es una aplicación que no se instala en el sistema, se lanza sólo en modo local de tu usuario.

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Saludos y suerte

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