Hola, bueno mi inquietud es la siguiente, yo tengo Ubuntu12.04, porque considero que ubnutu es mas seguro y confiable que windows. Puse en ubuntu una carpeta con contenido privado que no quiero que nade vea la oculte con el punto antes del nombre es decir como se ocultan en ubuntu (Y también en MAC) y la protegí para que solo el root pudiera abrirla, pero hace poco para copiar unos archivos que tenia en ubuntu desde windows me descargue un programa que se llama ext2explore 2.2, y solo por probar también intente copiar los archivos privados y me di cuenta que también los podía copiar a pesar de que fueran ocultos y que estuvieran protegidos.
Esto me preocupa, mi pregunta es no hay alguna manera de protegerlos para que no se puedan copiar de ninguna forma o algo así ?
quiero estar tranquilo.
De antemano gracias

Tendrás que cifrarlo.
Bien archivo por artchivo, bien la carpeta, bien el disco. Es como si arranco un ordenador con Windows desde un pendrive de Ubuntu, le entro hasta la cocina.
Ten en cuenta que el sistema de permisos, funciona para cada sistema operativo en marcha, pero para los demás S.O., sólo es un sistema de archivos.
No puedo recomendarte la mejor forma de hacerlo, porque desconozco el tema, pero no dudo que una búsqueda en el centro de software, o en google, te dará muchas posibilidades.
Mi web : www.vigovideo.es
Buscar es más rápido que esperar una respuesta.
Como ha dicho furtaxi
Debes cifrar tus datos.
Una forma fácil de hacerlo es con EncFS: Lo que hace es crear una carpeta donde se cifrarán tus datos, la monta y en la carpeta montada es donde has de poner tus datos.
Para instalarlo:
sudo apt-get install encfs
Para crear una nueva carpeta cifrada:
encfs ~/cifrado ~/visible
La ruta de ambas carpetas debe ser absoluta.
Sigue las instrucciones; si son datos como recibos bancarios o documentos privados los que quieras poner en ella puedes usar el modo paranoico (oprimir p en el propmt de encfs); si son datos con los que tenga que trabajar algún programa como un cliente de correo electrónico es mejor el modo estándar (solo da enter en el prompt).
EncFS te pedirá una contraseña para la nueva carpeta.
Para montar la carpeta haz un:
encfs ~/cifrado ~/visible
Te pedirá la contraseña.
Dentro de la carpeta "visible" (o el nombre que le pongas) es donde debes almacenar tus datos, los cuales serán automáticamente cifrados en la carpeta "cifrado".
Para desmontar:
fusermount -u ~/visible
Si ves el contenido de ~/visible después de desmontar verás que está vacía, mientras que en cifrado tendrás los archivos cifrados.
En los repositorios existe un paquete, cryptkeeper, que ayuda a crear y administrar carpetas cifradas con EncFS, pero he estado leyendo que presenta problemas con 12.04; puedes probarlo y si no funciona usar el procedimiento de arriba.
Finalmente recuerda que debes borrar de manera segura los archivos que no fueron cifrados, el programa srm sirve para ello:
sudo apt-get install srm
sudo srm -R carpetaoculta
Uso sudo porque dices que la has hecho propiedad del root.
Agrego:
Me he pasado por la documentación de la comunidad de Ubuntu y encuentro lo siguiente sobre EncFS:
https://help.ubuntu.com/community/FolderEncryption
Si tienes tiempo y ganas de saber más puedes recurrir al siguiente artículo de la wiki de Arch Linux:
https://wiki.archlinux.org/index.php/Disk_Encryption
Agrega al final del título del post (solucionado) si has arreglado tu problema.
como dice el compañero yo lo privado lo tengo cifrado
Yo no me complico y uso cifrado por gpg
http://usemoslinux.blogspot.com/2010/04/como-encriptar-archivos-y-mensaj...
http://ubunlog.com/como-cifrar-archivos-en-ubuntu/
No es nada difícil eso si , asegúrate de acordarte de la frase de paso y de hacer una copia de tus claves de cifrado en un cd ó donde quieras que si reinstalas y se pierden puede dejar tus archivos inservibles.
saludos
La libertad es aquella facultad que aumenta la utilidad de todas las demás facultades.
(Immanuel Kant)