Reloj funciona lento

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Hola, he visto varias veces este problema en los foros pero no ninguno me ha servido para solucionar el problema porque la situación es distinta.
Mi problema es que el reloj funciona lento, es decir, se va atrasando a medida que pasa el tiempo (es como si en lugar de tener 60 segundos, los minutos fueran de 62 o 63). El reloj de la BIOS funciona bien hasta que inicio sesión en ubuntu (xubuntu en realidad). Cuando inicio sesión se adelanta 3 horas (el reloj de la BIOS) y el del SO se empieza a atrasar de a poco. Si lo ajusto manualmente, a los 5 minutos ya está atrasado. Probé cambiarle la pila a la mother y pasa lo mismo.
Probé comparando ambos relojes (de ubuntu y de la BIOS) con un cronómetro en mano y el que tiene problemas es el SO.
Ya pregunté en un foro de reparación de pc y no funcionó lo que me recomendaron (cambiar pila, hacer un clear cmos) y revisando este foro encuentro problemas parecidos, pero ninguna solución me sirvió (muchos tienen problemas por usar windows, yo solamente tengo ubuntu).
Si alguien tiene alguna idea al respecto le agradeceré, porque, si bien no ha pasado nada grave (solamente tengo un reloj atrasado) me desespera no encontrar la fuente del error.
Gracias.

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Un problema parecido fue solucionado con una actualización de la Bios,si no lo realizaste tal ves te sirva,saludos y suerte.

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Gracias por responderme. Hice lo que me dijiste y el problema persiste. Ya no se me ocurre qué otra cosa hacer, más que reinstalar el sistema.

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Cambié la pila de la mother, actualicé la BIOS, formateé e instalé Xubuntu 13.10 y el reloj se sigue atrasando. No sé qué será, tal vez sea hardware, pero ya desisto.

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Configura la hora correctamente en Xubuntu.
Hecho esto abre una terminal y ejecuta en ella:

sudo su
hwclock -w
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Pero ya intenté eso y no funcionó. Ahora que actualicé ubuntu intenté otra vez y al principio no iniciaba xfce (el log in no aparecía, solamente el modo texto). Después de reiniciar varias veces arrancó bien. El próximo paso que voy a realizar va a ser formatear todos los discos (hasta ahora el único que formateé es donde tengo instalado el sistema, nunca el /home) porque capaz que exista una configuración guardada por ahí que esté molestando.
Saludos.

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Entrando a tu /Home,borrando todo los archivos escondidos y los de configuración como administrador,no tendrías que formatear /home,saludos y suerte.

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No sé si habrá otra cosa para hacer, pero he decidido (después de consultar en foros de hardware) que lo que debo hacer es cambiar la motherboard, porque he tenido otros problemas que ahora veo relacionados. Gracias igual por la ayuda y espero que lo que me han respondido ayude a alguien con este problema sin daños de hardware.

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