VLC y subtitulos: Problema pese a usar ISO-8859-1

Hola a todos.

Llevo ya algún tiempo usando Ubuntu y VLC, me parece un reproductor excelente y es el que siempre he usado para ver mis series subtituladas favoritas. Para ello cambiaba en las preferencias de VLC el lenguaje de subtítulos a ISO-8859-1 y así no tenía problemas con las frases con tildes o las ñ etc.

Sin embargo de la noche a la mañana, sin tocar nada ha dejado de funcionarme y los subtítulos no se ven bien, sólo las frases que no tienen caracteres "extraños" no aparecen, como si lo que cambié en las opciones no estuviera.

Lo revisé y efectivamente seguía ahí, está bien configurado. He abierto el archivo de subtítulos y efectivamente hay frases que no aparecen, también he probado con otros capítulos y otras series y sucede lo mismo, por lo que queda descartado que el archivo de subtítulo esté mal o no corresponda, etc. También he probado a borrar la configuración y crearla de nuevo con el mismo resultado. Incluso he desinstalado el programa con "purge" y más de lo mismo. No sé qué hacer ni a qué se debe.

¿A nadie más le pasa? ¿Alguna actualización de VLC o un paquete de Ubuntu? ¿Alguien podría intentar ayudarme?

Muchas gracias anticipadas.