Problemas de compilación con el kernel 2.6.27-9 en Intrepid (Solucionado -a medias-)

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Hola a todos. Lo primero, me gustaría dejar claro que he buscado todo lo que he podido, pero esto no me lo explico.
Compré un viejo ordenador de cibercafé por cuatro duros para experimentar con linux, así que empecé por instalar Ubuntu 8.10 Server, para tenerlo como base (sólo tengo 6.4 GB de disco duro) y decidí que como lo voy a usar de ordenador de escritorio lo mejor sería compilar un nuevo kernel.
Instalé lo necesario, bajé linux-source y me puse a ello. Tuve varios fallos de compilación y al final decidí partir de la configuración ya funcionando de mi kernel activo. El caso es que tras modificar alguna cosa básica, como el tipo de procesador y quitar módulos de hardware que no uso, tampoco compiló, así que por fin hice borrón y cuenta nueva y pensé en compilar un kernel con las opciones del actual sin tocar ninguna, para ver si daba error y... tampoco puedo compilar.
El sistema está totalmente actualizado y el kernel que funciona es el mismo que estoy intentando actualizar. ¿Alguna idea?

Nota: usé este tutorial como podría haber usado muchos otros tutoriales, son todos parecidos:
http://alexsancho.name/archives/2007/02/compilar-el-kernel-en-ubuntu/
Muchas gracias a todos.

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Una vez descomprimido el tarball que nos bajamos al instalar linux-source (o sea, el kernel propiamente dicho), nos metemos en el directorio que se crea y hacemos

sudo make mrproper

Se ve que queda algún tipo de configuración residual y luego al compilar no puede encontrar lo que busca.

Digo que la solución es a medias, porque para poder compilar he tenido que renunciar a squashfs. Si alguien sabe cómo hacerlo, o cuál es el problema, estaría bien que lo comentara.

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