Problema con Netbeans 6.5

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Resulta que actualicé mi Ubuntu 8.10 a Ubuntu 9.04, y al hacerlo se actualizó automáticamente mi versión de Netbeans 6.1 a la versión 6.5.-

Hasta ahí todo bien, excepto por el ya mencionado Netbeans. Comencé a trabajar con mis proyectos y descubrí que en la parte inferior de la pantalla me aparecía un símbolo de advertencia que no se demasiado bien qué significa, y además en una rutina en la cual leo un archivo de texto no se por qué razón pasa dos veces y luego no lee más (el archivo tiene unas 15 líneas y debería leerlas a todas). El código está bien porque ya lo estaba utilizando, es como si tirara un ioexception pero no pasara por el catch..

¿Hay alguien a quien le haya sucedido algo similar?
¿Aguien conoce la solución?

P.D.: no tengo a mano el código ni la pantalla con la advertencia, ya que esta no es mi pc de trabajo.