Problemas con varios servidores al recuperar /etc/passwd

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Hola.

Tengo un ordenador con ubuntu 9.04 en un instituto que dispone de un servidor de páginas web (apache2), mysql, ftp y otros servicios de trabajo compartido. Llevamos ya 4 años con él, aunque sólo desde el verano pasado con Ubuntu. Antes usaba Fedora. El otro día estaba dando de alta a un usuario nuevo y no sé por qué motivo el programa tardaba en responder y se quedó medio colgado. Al final parece que se solucionó el tema, pero en un momento dado reinicié el equipo y se habían perdido todos los usuarios, excepto root y yo mismo. Al perderse los usuarios no pudo iniciarse gdm y sólo pude entrar en modo consola. A mi me había quitado los permisos de administrador y no reconocía la contraseña de root que le pasaba. Pude comprobar de todas formas que el archivo /etc/passwd había quedado reducido a root y a mi mismo.

Modificando la entrada del grub pude entrar como root y restablecer la contraseña, pero no sabía cómo solucionar el problema. Mirando por Internet encontré lo que parecía una solución. Arranqué el equipo con el disco de instalación de Ubuntu en vivo y pude copiar los archivos passwd, group, gshadow y shadow de otro ordenador que tenía configurado de manera muy parecida.
El equipo volvió a arrancar con normalidad, salvo que los usuarios habían desaparecido, aunque no lo habían hecho sus carpetas /home. Este problema lo tengo más o menos solucionado aunque de una forma un tanto laboriosa. Los usuarios generados por el sistema sí están (www-data para apache, mysql, ftp, etc)

Los problemas que se mantienen y que no sé cómo resolver son los siguientes:

1) Aunque apache parece que funciona correctamente y la página web del centro funciona correctamente, los servidores de correo (imap), ftp, mysql y bscw (plataforma de trabajo compartido) no funcionan (el ftp da respuesta pero no deja conectarse a ningún usuario; revisaré la configuración del correspondiente archivo conf por si ha cambiado algo). No sé por donde atacar el problema.

2) El programa users-admin de ubuntu que sirve para gestionar los usuarios no me lista más usuario que a root. No aparece ningún otro de los usuarios que ya he creado y que funcionan correctamente. El programa sí deja crear usuarios nuevos pero no los visualiza para poder modificarlos si se desea.

3) Las carpetas de los usuarios tienen ahora como propietarios usuarios sin nombre, solo con una uid. He comprobado que puedo volver a crear los usuarios y cambiar el propietario de esas carpetas a los nuevos usuarios y éstos pueden utilizarlas con normalidad, pero no sé si esto tendrá algo que ver con lo que menciono en el punto anterior.

Me he extendido un poco pero quería explicar lo más posible el problema por si alguien me puede dar alguna idea de por dónde tirar.

Muchas gracias por anticipado.