Ayuda con la terminal

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Hola... soy nuevo en el foro y no se si este bien poner aquí el tema el caso es que ayer estaba en Ubuntu y abrí la terminal por que quería actualizar el Flash Player y tenia que eliminarlo, el caso es que solo copie y pegue como siempre, cuando empezó el proceso me dio la leyenda de que no se pudo borrar por que no existía, a consiguiente mejor cerré la terminal con la advertencia de que se terminaría el proceso, no recuerdo exactamente, después de cerrar la terminal ya no aparecía el fondo de pantalla, en su lugar era todo obscuro pensé que era algún fallo temporal así que reinicie, pero después de reiniciar me apareció el fondo negro, 1 carpetas en el escritorio y por lo demás como si hubiera terminado de instalar por primera vez Ubuntu, cheque la carpeta personal y no había nada solo 1 carpeta la de amsn received, luego cheque lo que tenia instalado y si, aparecía amarok, amsn, todo lo que había instalado, osea como si solo se hubiera eliminado todos mis archivos menos los programas.Espero que me den alguna orientación gracias.