La consola se cierra pero el programa sigue ejecutandose

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Hola, estoy desarrollando unas aplicaciones para ubuntu que colaboran entre ellas. El problema que me estoy encontrando es que las ejecuto desde el codeblocks, y se abre un "program console" donde voy viendo la salida de los programas. Sin embargo, a veces se cierran las que tengo abiertas y no puedo ver la salida que producen. Sé que siguen abiertas por que siguen trabajando, es decir, modifican varios archivos y puedo comprobar que estan funcionando correctamente (no se han colgado ni nada). En el Monitor de sistema aparecen, tienen "actividad" y todo se ejecuta con normalidad. Pero no puedo ver la salida.
no quiero cerrarlos a lo bruto (kill process) por que estoy haciendo pruebas de rendimiento a "largo plazo" pero si que quiero ver la salida que producen, es un error del codeblocks? hay alguna forma de "reengancharse" a la salida de estos programas??
Un saludo y gracias
Edito para decir que programo en C ++ :)