UNISON problemas con time: true

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Hola
Empecé a sincronizar una win7 (trabajo) con un ubuntu (casa) usando un pendrive y UNISON. Funcionaba todo bien hasta que me di cuenta que me cambiaba la fecha de los archivos. Puse time: true y prefer: newer para conservar la fecha original de los archivos y elegir automáticamente el archivo mas nuevo, y resulta que cuando actualizo entre el pendrive y el win7 me detecta diferencias de 1s en la fechas de todos los archivos y me propone modificar todos... y cuando actualizo entre pendrive y ubuntu me sale un error de "Error in setting modification time:".
Los archivos, en la pc donde tengo ubuntu, los tengo en una partición NTFS ya que antes tenía el XP, que aún mantengo porque hay programas que no andan en ubuntu (SPSS, Redatam y Mapinfo) y cuando hago procesos pesados en un xp virtualizado (virtualbox) se pone terriblemente lento.
Alguna sugerencia?
Pablo
pd: no puedo actualizar desde el xp virtualizado porque el virtualbox no me reconoce el pendrive...