Netbeans y C++

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Hola , Mi OS es Ubuntu 9.10 y tengo Netbeans instalado desde los repositorios base, además de un plugin para C/C++.

Mi problema es el siguiente:

He creado un projecto en donde uso mi propio makefile , usando las bibliotecas libSDL.

Mi sorpresa es que mientras que haciendo make desde un terminal y ejecutando, todo me va perfecto.

Cuando desde mi propio makefile compilo desde Netbeans ( compila ok ) y ejecuto, cuando va ha salir el juego hay un fallo de segmentación.

No soy muy experto en Netbeans bajo Ubuntu.

¿ he configurado algo mal?

Nota: mi proyecto en Netbeans usa el mismo makefile que uso desde terminal, el problema es de ejecución.

Muchas gracias de antemano.