Python lento!! , por que?

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Hola a todos.
Uso Ubuntu 10.10, hice una aplicación en python para calcular entropía multiescala la verdad son muchos los cálculos que se hacen y no me sormprendió que se demorara un poco, sim embargo el proyecto debe funcionar en windows, instale los modulos que necesitaba y lo ejecute, para sorpresa mía, no importa la cantidad de datos que le pase a la entrada los calcula muy rápido (en comparación), lo cual me pareció muy raro yo crei que python seria mas rapido en ubuntu, y para completar también es mas rápido en el python instalado con wine.

Mi pregunta, por que pasa esto?
en programa en cuestión estoy utilizando WxPython, matplotlib, numpy y algunos propios que vienen con python.

agradezco cualquier información