Actualizar Ubuntu con Kubuntu-Desktop

¡Hola a todos!
Tengo una duda, les cuento que hace tiempo que vengo utilizando Ubuntu y lo tengo tan actualizado que odiaría perder toda la configuración (es tal que me compre un nuevo disco y copie la entera partición). Pero cierto día se me ocurrió instalar el paquete Kubuntu-Desktop con todo lo que eso significa y me gustó tanto que decidí desintalar Ubuntu-Desktop, junto que el entrono Gnome y casi todos los programas que vienen por defecto. En resumen pase manualmente de Ubuntu a Kubuntu.
Ahora viene mi duda: Ahora que está por salir la nueva versión ¿Cómo me conviene actualizar? Si actualizo Ubuntu normalmente ¿me reinstalará nuevamente los programas que trae por defecto? ¿O me puede llegar a corromper el sistema? ¿O debo actualizar a mano los repositorios y sea lo que Dios quiera?
Muchas gracias desde ya por sus repuestas.