NTFS, Cadenas perdidas y Ubuntu

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Tengo una pregunta...!! Cual puede ser la razon por la que al acceder a particiones NTFS desde ubuntu... y copiar, mover y / o crear archivos a otra particion a veces se copian mal... se ejecuta el CHKDSK de windows al iniciarlo... y encuentra demasiadas cadenas perdidas y regenera la estructura de archivos (asi aparece en windows)....
NOTA: El disco duro no tiene fallas, no esta tan Fragmentado y ubuntu siempre esta actualizado...!!
Alguien que tenga una respuesta..??

---Por cierto... Desde que uso ubuntu 10.04 hasta el actual 11.10 me pasa eso...!!!