Error en configuraciones anteriores

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Hola, primero les cuento algo que deben tener en cuenta para que busquemos solución a esto.

Hace menos de 1 año instalé Ubuntu 11.04 en mi portátil Acer Aspire 4743 (4GB de Ram, disco duro de 640GB, procesador i3) y bien, funcionaba bien, pero como ustedes saben se puede elegir el escritorio y preferí gnome cásico pero encontré un problema, no se ven los botones de minimizar y mazimizar y cerrar, tampoco se ven las ventanas abiertas en el panel inferior aun cuando la opcion "lista de ventanas" o algo así está agregada al panel, y la verdad no sé si sea algo de las configuraciones o errores que cometí antes cuando instalé ubuntu 10.10, en el cual no recuerdo qué hice con el compiz (creo que fue con él) y desaparecieron al instalar compiz-icon (o algo así) y darle reload window, pero ahora el prblema:

Instalé Ubuntu 11.10 y bien, si le doy la opción que dice sólo ubuntu no aparecen paneles ni nada (sólo el fondo de escritorio), pero si le doy en la opción Ubuntu 2D inicia más o menos bien, pues a veces no se mueve el puntero, no responde. Y lo que yo hago al instalar es formatear la partición que tengo como raíz (/) y la partición que tengo como home (/home) sólo la monto y obviamente tengo la swap, pero no sé si en las instalaciones anteriores de Ubuntu quedaron guardadas configuraciones en la /home del escritorio o demás por lo que se puedan presentar estos problemas, y la verdad quiero usar Ubuntu 11.10 pero no quiero tener que hacer copia de la /home en otro disco duro (que debo pedir prestado) formataear todas las particiones, reinstalar Ubuntu 11.10 y luego en mi partición /home copiar las documentos del otro disco duro, (y son como 60GB), por lo cual entenderán el lío que tengo.

PD: Ayer usando Ubuntu 11.04, no iniciaba las preferencias de sonido, y lo solucioné al borrar el archivo .pulse de mi /home (rm -r ~/.pulse), además cuando intentaba abrir una carpeta se demoraba mucho
y luego me mostraba una ventana que me daba la opción de forzar salida (porque no abría la carpeta) o esperar a que responda.

Gracias de antemano a todos.