Cómo preferís instalar un servicio: Compilando o usando los repositorios

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Hola a todos,

Antes de nada presentarme, porque soy nuevo. Mi nombre es Pau, Soy técnico de sistemas y devoto en Linux.

Me gustaría pediros un consejo sobre una cuestión que me encuentro muy a menudo. Preferís instalar un servicio a través de los repositorios (apt-get install) o descargando la fuente oficial y compilandola?

Para mi, la respuesta siempre ha sido clara: Repositorios; me permite instalar facilmente un servicio, configurarlo afín a al estructura de Ubuntu y sobretodo actualizarlo acorde con el sistema. Pero últimamente me he encontrado un par de problemas a la hora de hacerlo así. Algunos servicios empaquetados en el repositorio distan mucho de la configuración del servicio original, sobretodo en la organización de carpetas, y a veces es un problema configurarlo según la documentación del fabricante porque está todo diferente... Ultimamente lo he encontrado configurando un Nagios y servicios complementarios como pnp4nagios. Aunque también me ha pasado en otros anteriormente...

Bueno, gracias de antemano por los consejos.

Saludos,
Pau