Directorios Afectados por/en Ubuntu Server

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Hola, en pocos lugares encontré respuestas a esto, ya llevo un avance pero creo que aun me falta.
--Tenemos un Sitio Web bajo Joomla! en un servidor Ubuntu, con particiones diferentes, algo asi:
* Partition#1 /dev/sda7 = / (OS)
* Partition#2 /dev/sda6 = /var/www
* Partition#3 /dev/sda1 = /home/user
La cosa está en que tenemos ataque de Rootkits, ya utilizé el RkHunter (muy Bueno por cierto) pero al parecer afectó mas directorios y archivos de configuración, lo que quiero hacer es hacer un Backup de los Archivos de Configuracion que afecte Apache, MySQL, PHP, PhpMyAdmin, etc...!!! a la particion 3, la del usuario, y reinstalar la particion 1 que es la del SO, en la particion 2 pues solo contiene el sitio web en sí o mejor dicho los archivos de joomla, etc!!!
.....Ya logré pasar varios archivos y direcotrios como son por ejemplo:
/etc/apache2
/var/lib/mysql
/usr/share/firebird
y mas directorios, pero no sé cuáles son los mas importantes o si alguno me haga falta!!!!!
tambien si al cambiar e instalar nuevamnte php, mysql apache, etc... y sean de otras versines afecte la integridad del sitio web con sus versiones actuales.!!!

...Sé que suena algo complicado y muuy "tedioso" pero en fin, es parte del mejoramiento de este Server y entenderlo aun mas!!
...GRACIAS!! =)