Como actualizo un programa

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Hola amigos quisiera saber como se actualiza un programa en especifico

Por que por ejemplo solo quiero actualizar jdownloader (se que se puede hacer desde el programa) sin necesidad de actualizar el S.O y todas las aplicaciones en general, por medio de la Terminal, es solo por curiosidad y por que querer aprender

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Depende a que te refieras por actualizar. Si es a actualizar el programa a la última versión disponible en los repos de tu versión de Ubuntu basta con hacer:

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade programa

Si es a la última versión que ha sacado el desarrollador entonces tienes que ver si existe un repositorio para aplicación o seguir las instrucciones del desarrollador de su página oficial.

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Agrega al final del título del post (solucionado) si has arreglado tu problema.

Imagen de Goyo
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No puedo probarlo ahora pero según el manual parece que no es upgrade sino install:
http://manpages.ubuntu.com/manpages/precise/en/man8/apt-get.8.html

upgrade
           upgrade is used to install the newest versions of all packages
           currently installed on the system from the sources enumerated in
           /etc/apt/sources.list.
install
           install is followed by one or more packages desired for
           installation or upgrading. 
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