Imagen de psikonauta
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Al final conseguí solucionarlo de la siguiente manera:
- Instalé dconf-editor
- Fui a org.gnome.gedit.preferences.encodings
- Hice 'Set to default' en 'auto-detected'
¡Ya está!

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Imagen de nolin
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Internamente los caracteres se guardan "codificados" asignándoles un número (A) o una secuencia de uno o varios números (B). Las secuencias (B) para caracteres ingleses son iguales que los números de (A). Por eso los ves bien. El resto no.

Windows maneja el tipo A. En Linux puedes elegir.
Si grabas en un disco, tendrás que elegir uno de los sistemas. Y rezar para que la gente con la que
los compartas tenga el mismo sistema que el que elegiste.

En gedit, usa el menú "Guardar como..." En la ventana que se abre hay dos cuadros desplegables: "codificación de caracteres" y "final de línea".
La codificación en Ubuntu suele ser UTF-8 (el tipo B que te decía). La opción ISO-8859-1 se parece a la que usa Windows, pero solo se parece. Despliega más y selecciona la Windows-1252 Occidental.
Para 'final de línea' usa el tipo "Windows".

Para saber más:
Busca sobre "codificación de caracteres", UTF-16, UTF-8, Windows-1252

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