Problemas al copiar archivos en HDD NTFS compartido

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Tengo instalado en el PC ubuntu 12.10 con gnome 3.6, en un disco duro en formato ext4 y en otro disco duro, windows 8. Tengo un tercer disco duro, que uso para datos en NTFS (para que windows lo vea). Cuando uso ubuntu, el disco duro de windows no se enciende, y al revés, cuando uso windows el disco duro de ubuntu no se enciende ( lo hago con un boton de la caja para dual boot).
Procuro usar ubuntu para casi todo y todo el tiempo.
Mi problema: cuando copio archivos grandes desde ubuntu al disco compartido, cuando arranco windows no los lee. simplemente como si no existieran. Si hago un chekdisk en windows encuentra errores, que "arregla": me muestra la carpeta o el archivo, pero no puedo abrirlo, y cuando vuelvo a ubuntu, el archivo ha desaparecido del disco compartido.
Tambien he observado problemas al copiar carpetas grandes con muchos archivos (fotos personales y videos de mas de 150Gb en total) desde ubuntu, el sistema se vuelve muuuuuy lento. Probe a formatear el disco duro compartido, pero sigue pasando igual.
Desde mi desconocimiento se me ocurre que quizá tenga algo que ver con el indexado de windows??
Gracias