Descarga esta aplicación

wget http://www.rfxn.com/downloads/maldetect-current.tar.gz

Es un script desarrollado por RfxNetworks que permite hacer un escaneo al sistema en busca de malware y virus.
Tiene:
Detección a través del hash MD5 para una rápida identificación de infecciones.
Usa patrones basados en HEX para identificar variantes de infecciones.
Integra detección usando ClamAV.
Actualizaciones inteligentes de su base de datos.
Modo cuarentena para aislar ficheros potencialmente peligrosos.
Posibilidad de remover los archivos infectados automáticamente.
Alerta por email una vez se detecta alguna infección.
Permite excluir directorios.
Descomprime e instala

tar -xvpzf maldetect-current.tar.gz
cd maldetect-1.4.1/
sudo su
sh install.sh

Su uso se puede programar, en forma periódica
El comando mas simple es:

maldet -a /directorio-compartido/

Mas información aqui:
http://www.rfxn.com/projects/linux-malware-detect/

Tambien puedes programar un escaneo automático con solo clamav y cron

crontab -e
(agregas esta linea)
clamscan -i -r /var/www/hosts/ | mail tudireccion@tuservidor.com

Para eliminar los archivos infectados

clamscan --remove=yes -r /var/www/hosts/