Problemas al eliminar archivos

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Buenas, eh estado buscando por lo largo de la web, y la verdad no eh logrado conseguir nada, resulta que de pronto se me eliminaron películas de la carpeta de descargas del jdownloader, fue algo muy extraño, pero pues que hacerle, no queda otra mas que volver a descargarlas y punto.
Pero indagando, queriendo encontrarlas, pensé tal vez se ocultaron o algo, bueno hice un ls -la en la carpeta /media/miusuario/Data/JDownloader/Downloads, que es donde se almacenan las descargas, y cual fue mi sorpresa, me encuentro que aparecen unos errorsitos por ahí:
ls -la
ls: no se puede acceder a El Dictador: No existe el archivo o el directorio
ls: no se puede acceder a Expendables 2: No existe el archivo o el directorio
ls: no se puede acceder a Fire With Fire.avi: No existe el archivo o el directorio
ls: no se puede acceder a Fire With Fire.srt: No existe el archivo o el directorio
Por listar algunos.. entonces abajo aparecen de esta manera:
d????????? ? ? ? ? ? El Dictador
d????????? ? ? ? ? ? Expendables 2
-????????? ? ? ? ? ? Fire With Fire.avi
-????????? ? ? ? ? ? Fire With Fire.srt
intente borrarlos como sudo, cambiarles los permisos con chmod, chown, mas no consigo nada, por ejemplo:
chmod 777 -R /media/aagp/Data/JDownloader/Downloads/"El Dictador"/
chmod: no se puede acceder a «/media/aagp/Data/JDownloader/Downloads/El Dictador/»: No existe el archivo o el directorio
Esa clase de errores me aparecen.. No se si a alguien le haya sucedido algo parecido o me pueda ayudar a encontrar una solución, ya que una vez que eh intentado eliminarnos y no lo eh conseguido, me eh aferrado a hacerlo :).. De antemano muchas gracias.
Por cierto, utilizo Ubuntu 12.10 (Linux user 3.2.0-31-generic #50-Ubuntu SMP Fri Sep 7 16:16:45 UTC 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux), y "Data" es una partición dentro de mi HDD, la cual tiene como sistema de ficheros NTFS.

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Tienes que ver primero como montas dicha particion.
Y en cuanto a los permisos que quieres cambiar los permisos de linux, no palican para win/ntfs/fat32 etc... por lo que de cambiar dichos permisos no procede.
como te comente mira primero como montas dicha particion, y despues ver si puedes escribir en dicha particion o te falta instalar ntfs-3g, por ejemplo en la terminal:
sudo apt-get install ntfs-3g
y por ultimo ver si no tiene problemas la particion (el sistema de archivos)

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Es un solo HDD de 320gb, el cuál lo tengo particionado para Win, otro para Data (programas, pelis, etc), y por ultimo una para Ubuntu. No había tenido problemas en lo absoluto, hasta hace unos días, de pronto desaparecieron de la carpeta de descargas del jdownloader como 10 pelis, cosa que me extraño demasiado, pensé en que tal vez se cambiaron de directorio se ocultaron o algo, y pues decidí ir a la terminal y recorrer el directorio con "ls -la" y pues aparecieron archivos que yo ya había borrado hace tiempo, opté por tratar de eliminarnos desde la terminal, y cuál fue mi sorpresa que no pude hacerlo..

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Hola, alguien que me pudiera ayudar??, no quisiera tener que formatear la unidad para hacer desaparecer esos archivos.
Eh leído en diferentes post, acerca de este tipo de problema, más no eh podido encontrarle una solución, alguien por ahí que aya tenido este tipo de problema??

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Que significan estos permisos en un archivo " d????????? " ????...

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"Que significan estos permisos en un archivo " d????????? " ????..."

Ese es un error de permisos cuando le quieres aplicar permisos GNU/Linux a carpetas o archivos alojados en particiones NTFS.
Se me ocurre que primero garantizes pleno acceso a la particion:
Primero desmonta la particion windows con click derecho -> desmontar
Si en el fstab le asignaste un punto de montaje, borra la linea.
Ejecuta estos comandos:
sudo apt-get install ntfs-3g ntfs-config ntfs-progs
sudo ntfs-config

Se abrira una ventana, tilda las 2 opciones (activalas) y en avanzada seleccionas el punto de montaje para tu particion windows.
Reinicia y ahora si, tienes pleno acceso a tu particion.
intenta de nuevo localizar/borrrar.

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