Generalmente todos los programas de windows en wine corren "con privilegios administrativos", pero si un programa detecta que no esta corriendo como "Administrador", es por una deficiencia o bug en wine, para ir sobre ese problema, si el programa es compatible se cambia el sistema operativo a imitar, en este caso a las versiones antiguas de windows, en donde no hay privilegios.

Si tu programa que tratas de instalar tiene compatibilidad con versiones viejas de windows, entonces trata de instalarlo después de cambiar la configuración de wine para que imite a windows 98.

Una forma segura de hacerlo es creado un prefijo de wine separado al que tienes por defecto de la siguiente manera:

¿Un prefijo de wine? ¿pero que es eso?: Para no extenderme mucho, es algo que permite correr muchos programas de windows pero cada uno con una configuración general de windows diferente e independiente el uno del otro; un ejemplo simple para entender esto: es que tal vez necesites correr un juego como si lo hicieras en windows Vista, otro ejemplo; tal vez necesites instalar un reproductor de música como si lo hicieras en windows 2000.

Abre Terminal y escribe:

export WINEPREFIX=$HOME/.local/share/wineprefixes/aspel
winecfg

Dentro de la ventana con el titulo "Configuración de Wine" te vas en la parte de abajo en donde dice "Versión a imitar" y le cambias a "Windows 98", luego le das Aceptar, cierras la ventana y procedes a instalar tu programa, como sigue;

Desde Terminal:

 
cd ruta/a/tu/programa_de_instalación.exe 
env  WINEPREFIX=$HOME/.local/share/wineprefixes/aspel wine tu_programa_de_instalación.exe

Obviamente cambias los parametros de los comandos que te muestro por los tuyos, Ejemplo; si tu programa se llama "ASPEL.exe" y se encuentra dentro de la carpeta de descargas entonces tu haces:

 
cd Descargas
env WINEPREFIX=$HOME/.local/share/wineprefixes/aspel wine ASPEL.exe

Ejemplo 2; digamos que se encuentra en una partición en donde compartes archivos con windows y a esa partición le pusiste la etiqueta "SuperDocs" y tu programa; el mismo del ejemplo anterior, se encuentra en esa partición dentro del directorio "Programas Chidos", entonces haces esto:

 
cd /media/SuperDocs/Programas\ Chidos/ASPEL.exe 
env WINEPREFIX=$HOME/.local/share/wineprefixes/aspel wine ASPEL.exe

ya que corra el programa sigues las demás instrucciones.

pero Jamás se te ocurra correr wine como root, es el peor consejo que puedes recibir.

Importante: No olvides respetar mayúsculas, por que Linux es sensible a las mayúsculas, en Linux "Descargas" no es lo mismo que "descargas", ni "Programa.EXE" que "PROGRAMA.EXE" o "programa.exe"

Nota: Terminal siempre te va a ubicar en tu directorio /home; es decir, tu siempre que abras Terminal vas a tener algo como esto:

 
tu_nombre_de_usuario@tu_equipo:~$_ 

El simbolo "~" indica que estas en /home/tu_nombre_de_usuario, esto equivale a que en windows tengas algo como esto cada que abras el programa "Símbolo del sistema":

 
C:\Documents and Settings\tu_nombre_de_usuario>_

Es por eso que cuando vayas a navegar hacia un directorio que esta dentro de tu /home, en el primer ejemplo, el de descargas tu escribes solamente cd Descargas o si tienes otro directorio dentro de tu /home que sea "juegoS" tu escribes cd juegoS y como en el segundo ejemplo debes escribir la ruta completa al directorio o archivo sin olvidar el "/" del principio para indicarle a la consola que vas a cambiar a otro directorio diferente de /home/tu_usuario.