Imagen de Goyo
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Si no es eso, a mí me funciona todo divinamente.

Pero si tú lograste instalar un programa empaquetado en .tar.gz usando alien entonces no compilaste el código fuente.

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Imagen de LyingB
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lo que te dice el compañero Goyo.

Los tar.gz no solo se usan para comprimir código fuente, yo mismo tengo varios respaldos en formato tar.b2z, por lo que no es una normativa almacenar solo el código fuente.

Ahora, sobre lo de alien: Su propósito es convertir entre formatos de paquetes para poder instalarlos, pero los programas deberán estar precompilados. Mira lo que dice el manual de alien:

tgz Note that when converting from the tgz format, alien will simply
generate an output package that has the same files in it as are in
the tgz file. This only works well if the tgz file has precompiled
binaries in it in a standard linux directory tree. Do NOT run alien
on tar files with source code in them, unless you want this source
code to be installed in your root directory when you install the
package!

Una vez dicho esto, la mayoría de archivos .tar.gz una de dos, o contienen código fuente o usan una estructura muy particular en la que almacenan los archivos del programa, tal es el caso de Firefox, que está pensado para que corra desde la carpeta que ha sido descomprimida del .tar.b2z. En casos como los anteriores alien no hará nada bueno por tí.

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Agrega al final del título del post (solucionado) si has arreglado tu problema.