Sata DevSleep y Rtd3. ¿Cómo apagar HD secundario?

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Hola,

Me he montado un HD wd10jpvt en la ranura del dvd de mi lenovo b570e con el caddy Silverstone TS06B, pero me quedan un par de probemas por solucionar:

1.: Al arrancar el portatil se bloquea (espera infinita con pantalla en negro tras el logo lenovo) si no coloco el nuevo disco como primero en la lista de arranque (por supuesto no es este desde el que arranco, hay sólo datos).

2.: Al contrario de lo que esperaba, el segundo HD permanece siempre encendido, vibrando, calentando y gastando batería.
Este problema lo medio solucioné con hdparm -Y , sin embargo mediante esta solución el HD está en estado "standby", y el led está siempre encendido...(sigue consumiendo energía) Dado que el disco será accedido en casos puntuales, me gustaría desactivarlo totalmente por defecto, y encenderlo sólamete cuando se valla a usar...

He descubierto este artículo, donde se explican estos dos comandos de bajo nivel para dispositivos SATA:
http://www.sata-io.org/documents/SATA-DevSleep-and-RTD3-WP.pdf

¿Cómo puedo invocar el apagado y encendido del puerto SATA desde un script automático en el arranque para apagarlo (de no ser posible el arranque con el apagado encenderse quizás en la carga de BIOS) y fuera para arrancar al querer acceder a él?

He estado investigando un poco, pero he leido que algunas de las funciones de hdparm pueden ser peligrosas, y no sé cual puede ser una forma segura de apagar la unidad completamente de forma segura vía software.

¿Alguna sugerencia?