como hacer para que la tecla [Ctrl] no me interfiera

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Hola,
Soy nuevo en el foro, y en esto de usar ubuntu, y no se si estoy posteando en el lugar adecuado,
mi problema es que al usar algunos programas, necesito usar la tecla [Ctrl], pero el gestor de ventanas la intercepta, alguien podría explicarme como hacer para que el gestor de ventanas no me intercepte la tecla [Ctrl]?? uso Ubuntu 12.04