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Pues que instales Ubuntu en el segundo disco, cuando llegue el momento de instalar el GRUB le indiques que lo instale en el segundo disco, no en el primero que se supone que es donde está W7, aunque debido a eso si en la BIOS no cambias las opciones de arranque seguirá arrancando Windows. GRUB reconocerá la instalación de Windows en el otro disco (o debería) y te permitirá elegirlo en el menú de arranque, pero como Windows es algo especial no sé si se niegue a arrancar debido a que está instalado en el disco que no es desde el cual se inicia el equipo, de ser así te toca hacer los cambios al orden de arranque de los discos desde la BIOS para iniciar uno u otro SO.

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Y como me recomiendas que proceda a instalar Ubuntu en mi segundo disco duro? La idea es la siguiente, usar un disco duro (secundario) ya instalado y vacio completamente para ubuntu, pero que no me perjudique para nada con Windowds 7, es más. me daría igual tener que estar arrancando con F8.

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Ubuntero y linuxero para el frikismo, maquero para fotografía y trabajo ...
Mi web:b.victorsnk.com

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No dices en tu post inicial que Wubi te instala la versión de 64 bits de Ubuntu y ¡arranca!. En el enlace lo que dice es que si tu equipo viene con el logo de Windows 8 o tiene el firmware (?) UEFI Wubi no funciona, ni en 32 ni 64 bits. Al parecer ese no es tu caso, ya sea porque tienes un equipo sin el firmware UEFI o porque has deshabilitado el secure boot (?) desde la BIOS. O sea que sí es posible la instalación mediante Wubi.

Pero eso sí, si tienes problemas y estos tienen pinta de ser causados por haber usado Wubi no creo que haya mucha ayuda; casi nadie por aquí usa esa chapuza.

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Úsalo y ahí esta:
https://wiki.ubuntu.com/WubiGuide#Can_I_force_Wubi_to_download_and_insta...

¿Qué dice?
Que si quieres instalar la versión de 32bits tienes 2 opciones; una es colocar la ISO de Ubuntu Live de 32 bits en la misma carpeta que Wubi y la otra es, desde el símbolo del sistema ejecutar Wubi con el argumento --32bit

Para la primera opción la ISO debe ser misma versión que la que soporta Wubi. No puedes usar el programa Wubi.exe de Ubuntu 11.10 para la ISO de Ubuntu 12.04 por ejemplo. Para la segunda opción, si no te llevas bien con el símbolo del sistema, puedes crear un enlace directo y editarlo; agregándole ahí el argumento --32bit.

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