Como modificar una archivo interno de un archivo .epub desde consola

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Con el gestor de archivos puedo descomprimir un archivo .epub y modificar cualquiera de sus archivos internos. Una vez comprimidos, si se ha hecho correctamente, el ebook tiene los cambios introducidos.
Como quiero hacer cambios masivos a muchos archivos .epub, necesito poder acceder desde consola mediante un archivo bash y realizar los cambios necesario.
Alguien me podría decir si se puede hacer y, de ahí mi pregunta, como se hace.
Gracias adelantadas
Un saludo
Emi