Convertir video Arista Transcoder - FFMPEG

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Hola amigos.
Tengo 2 problemas surgidos del mismo. He querido convertir videos .avi con códec ITU H.264 al códec mpeg4.
1) Primero lo hice con Arista Transcoder con el preset DVD Player DivX Home Theater y quedó excelente. El problema es que ahora que quiero volver a utilizarlo, el programa se congela, no hace nada y cuando intento cerrarlo aparece una ventana que dice: The window Arista Transcoder is not responding. Debo forzarlo a cerrar para que termine. Pero no hace nada.
Ya lo desinstalé, incluso con synaptic y sigue igual.
2) Ante eso, probé hacerlo con FFmpeg. Al ponerle solo -vcodec mpeg4 quedaba muy bajo de calidad. Ya probé con esta indicación:
"ffmpeg -i Contactofatal.avi -vcodec mpeg4 -qscale 2.5 Contactofataldos.avi "
Lo convirtió con buena calidad. Sin embargo, mi lector de usb no lo lee. El video original tiene la siguiente descripción con ffmpeg -i :
Stream #0.0: Video: h264 (Main), yuv420p, 524x300, 23.98 fps, 23.98 tbr, 23.98 tbn, 47.95 tbc
Stream #0.1: Audio: mp3, 48000 Hz, stereo, s16, 128 kb/s
Ya convertido con la indicación quedó con esta descripción:
Stream #0.0: Video: mpeg4 (Simple Profile), yuv420p, 524x300 [PAR 1:1 DAR 131:75], 23.98 fps, 23.98 tbr, 23.98 tbn, 24k tbc
Stream #0.1: Audio: mp3, 48000 Hz, stereo, s16, 200 kb/s
Comparando con otros videos que sí los reconoce, la única diferencia que tiene es que en vez de decir "mpeg4 (Simple Profile) dice: mpeg4 (Advanced Simple Profile).
¿Cómo puedo hacer para que quede Advanced?
Desconozco muchas cosas, así que si pudieran ayudarme, gracias de antemano.
Actualmente tengo Ubuntu 13.04, actualizado.

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Hola, jsantiagogo:

Espero que, si llego tan tarde a responderte, sea porque ya lo tienes solucionado. Tengo problemas parecidos al tuyo porque soy negado a la hora de "conjugar" los comandos para hacer líneas de comando en FFmpeg. La mejor solución que he encontrado es transcodificar siempre con Winff, un programa GUI para FFmpeg, que ya viene con varios presets con distintas calidades para varios formatos y códecs. No he tenido ningún problema en transcodificar de h.264 a Mpeg4, y se puede elegir la calidad del vídeo resultante.
Winff se puede encontrar a través del Centro de Software de Ubuntu.
Espero que te sirva.

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Quico Álvarez.
www.quicoalvarez.com