Fallo en la edición de archivos .ts con avidemux y dvbcut

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He probado los programas avidemux y dvbcut en Ubuntu 12.04 de 64 bits para editar archivos de vídeo .ts generados por mi grabador de TDT (un energy sistem T3850) pero aunque sin editar se ven perfectos al editarlos con estos programas se producen dos problemas distintos:
- avidemux: el vídeo y el audio están desincronizados.
- dvbcut: si es vídeo es grande de vez en cuando se para el vídeo una fracción de segundos y luego sigue bien.

¿sabéis de algún truco, configuración u otro programa que edite estos archivos sin fallos?