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nunca tuve problema con conky y Ubuntu 12.04... tal vez tiene que ver el script que quieres usar.

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"Yo sólo se que no se nada"
-Sócrates, filósofo griego.
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Yo uso Gnome y para crear un lanzador ejecuto el siguiente Script en la carpeta en donde deseo tenerlo
#!/bin/bash
NM1=$((RANDOM%8000))
NM2=$((RANDOM%7999))
gnome-desktop-item-edit --create-new $NM1$NM2.desktop
Aquí se ve que se genera un nñumero aleatorio lo sugficientemente grande como para garantizar que sea único, esto imdica que no puedes simplemente editar un lanzado existente cambiando nombre y comando , eso seguramente causa conflictos en el sistema. Este Script no creo que te sirva por que usas LXDE y lo puse solo para indicar este hecho.
Lo que propongo es que uses Crontab, para ello sigue estos pasos que describo someramente ya que tienes experiencias en estos temas
1.-Crea un Script que contenga ambos comandos y que sería del tipo
#!/bin/bash
comando1 &
sleep 5
comando2

2.- Ejecuta
crontab -e
agregas esta linea
@reboot sleep 20 && export DISPLAY=:0 && bash ruta al script
Lo guardas con Ctrl + O
sales con
Ctrl +X

Solo agreo que las rutas tanto al Script como a los archivos de configuración, deben ser rutas absolutas.

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Esos no se llaman "accesos directos", son algo más sofisticado que un "acceso directo", En Linux los accesos directos se llaman enlaces blandos y en ~/.config/autostart no hay enlaces blandos.

Y en cuanto a tu problema... aún no describes con precisión lo que pasa... esto por que no has revisado que pasa cuando conky arranca con tu archivo.

Una forma de hacerlo es abrirlo desde Terminal conky -c /ruta/a/tu/archivo y ver que dice en la salida, otra es ver que pasa en .xsession-errors, esta en tu /home.

Las cosas de apport (eso de la ventana que sale con el mensaje "Ubuntu tuvo un problema") no las metas con tu problema, en su lugar desactiva eso, no sirve para nada y en lugar de ayudar perjudica, puesto que reporta errores por cada error puntual de todos los programas y son errores que no afectan al funcionamiento de Ubuntu, y cada proceso de apport recolecta información de todo el sistema, y al hacerlo toma bastante CPU enlenteciendo lo demás, desorientan y no dan la descripción del error, es simplemente estúpido, es un mala copia de lo que hace Windows cuando hay errores serios.

para desactivar apport, editas con permisos de root el archivo /etc/default/apport, cambias enabled=1 por enabled=0

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Lo que hay en~/.config/autostart son lanzadores y no enlaces blandos, el término acceso directo no corresponde.
El caso es que en nuevas versiones de Ubuntu no resulta simple crear lanzadores, estimo que en LXDE debe serlo mas difícil aún, por lo que sugiero que detalles como los has creado en esa ubicación.

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