Problema con eclipse Helios y Classic

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Hola, estoy empezando a trabajar en java, donde estudio usamos el eclipse helios, pero tengo problemas para trabar en ubuntu, eclipse no me esta usando los metodos en String como el equalsIgnoreCase o el compareTo, ya e probado de todo, mis programas funcionan bien en otras maquinas, asi que estoy seguro que no es problema de codigo, si me pueden dar una mano con esto les agradezco.