Imagen de JAVIER NAVARRO ALTIMIRA
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Otra opción es utilizar scribus

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Imagen de rioport
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Okular puede hacer eso.

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-- GC --

Imagen de Gabriel_M
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Para instalarlo en sistemas de 32 bits, abre una terminal, ejecuta en ella:

wget -c code-industry.net/public/MasterPDFEditor-1.9.00.i386.tar.gz
tar -xzvf MasterPDFEditor-1.9.00.i386.tar.gz
cd MasterPDFEditor
sudo chmod +x pdfeditor
./pdfeditor

Para sistemas de 64 bits:

wget -c code-industry.net/public/MasterPDFEditor-1.9.00.x86_64.tar.gz
tar -xzvf MasterPDFEditor-1.9.00.x86_64.tar.gz
cd MasterPDFEditor
sudo chmod +x pdfeditor
./pdfeditor

Luego te creas un lanzador donde te quede cómodo.

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Imagen de alatgarcia
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Lo único que conozco que puede realizar esa tarea de marcar es el Adobe Reader, lo puedes instalar en Ubuntu, y con eso no tendrás problemas, los visores o editores de PDF disponibles para Linux no realizan ninguno esa tarea, por lo menos hasta donde yo conozco.
Saludos

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