MKV problemas con subs en castellano

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Hola gente, me gustaría saber si alguien tuvo un problema parecido al mio... les cuento
hace unos 3 meses me compre una laptop con windows 8... estuve unas semanas hasta que por fin instale ubuntu (lo vengo usando hace años), bueno les cuento mi problema, mientras use MKV Merge con Windows no tuve ningún problema, para ver pelis con subtitulos pegados en el televisor, pero desde Ubuntu los subtitulos en ingles se ven bien y los españoles se ven cortados, repetidos, quedan trozos del subtitulo anterior durante minutos sobre el subtitulo que corresponde... y he buscado en la red la solucion pero no la he podido hallar. Si alguien sabe la solución o le paso lo mismo y esta buscandola, les ruego me ayuden porque mi ingles no da para ver la peli sin subs. Gracias por adelantado.