GUARDAR CONFIGURACIÓN DE LOS PROGRAMAS PARA ACTUALIZAR. (Cerrado)

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Hola, soy un usuario relativamente avanzado de ubuntu ya que llevo utilizándolo desde la versión 8.04 y me he molestado en ir aprendiendo cosas, pero siempre ha habido algo que no he terminado de aclararme.

Me refiero a la actualización limpia del sistema sin perder la configuración de los programas. Alguna vez he intentado actualizar de una versión a otra y siempre he tenido un montón de problemas con los drivers, programas que no funcionan... Hasta ahora siempre he reinstalado el sistema e instalado todos los programas desde 0.

El problema es que tengo cientos de configuraciones guardadas como los sitios de filezilla, los accesos desde el VNC viewer, las conexiones vpn del nm, configuración de steam (que por cierto van genial las versiones de juegos de ubuntu), configuración de maquinas virtuales con virtualbox... etc, etc, etc

En teoría, la configuración de los programas se guarda en una carpeta .programa dentro del home de cada usuario.
La cuestión es: si me guardo esas carpetas, reinstalo e instalo los programas de nuevo y restauro esas carpetas,
¿funcionará sin problemas la configuración de mis progrmas con la nueva versión?
¿podría guardar otras configuraciones más avanzadas, como la de samba, archivo /etc/samba/smb.conf?

Mi idea es actualizar de 12.04 lts a 14.04 lts.
Por otra parte, ¿merece la pena actualizar ahora mismo a 14.04, en cuanto a rendimiento y nuevas características?

Muchas gracias por vuestro tiempo y un saludo.

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