Depende del archivo que te descargues. Al ser Ubuntu una distribución basada en Debian, el archivo "ejecutable" por defecto es el .deb. Digo "ejecutable" entre comillas, porque no se corresponde exactamente con el .exe de Windows (en Linux no hay una extensión propiamente dicha para archivos ejecutables, sino un sistema de permisos que hacen posible la ejecución de un archivo). Para instalar un .deb, sólo tienes que hacer doble click en él (o si lo haces desde la consola, teclear "sudo dpkg -i nombre_de_archivo"). Los archivos propios de otras distribuciones, tales como .rpm, pueden ser convertidos con la utilidad "alien". Si es un programa para compilar, suele venir en formato .tar.gz, y en ese caso la cosa se complica algo (tienes que descomprimir con el gestor de archivos comprimidos o con el comando tar), y una vez descomprimido compilas.

Saludos!!

Los programas en Ubuntu también se pueden instalar con una herramienta llamada APT. Esta se puede configurar para que instales los programas que quieras a traves de internet o a traves de CD-ROM/DVD. Aquí te coloco una URL para leas este tutorial, te aseguro que después de leerlo, se te aclararan muchas dudas.

http://gsic.tel.uva.es/mendiknoppix/doc/apt-howto.es.pdf

Alguna duda, escribe de nuevo.

Saludos

--Es Dios quien me hace felíz--