Lo único que te puedo sugerir es que uses el siguiente script que encontré hace un tiempo para codificar ficheros a utf-8, a ver si te codifica correctamente:

#! /bin/sh

# Chequeamos los parámetros de la línea de comandos
if [[ ! -d $1 ]]
then
echo "¡Error en los parámetros! Uso: $0 ";
exit 1
fi

# Crea los archivos temporales
tempfile=`tempfile 2>/dev/null` || tempfile=/tmp/test$$
trap "rm -f $tempfile" 0 1 2 5 15

# Localiza todos los archivos en el directorio
find $1 -type f > $tempfile;

# Abre el archivo temporal
exec 3< $tempfile

while read -u3 filename
do
# Chequea el tipo de codificación del archivo
typefile=$(file --mime "$filename");
if [[ -n $(echo $typefile | grep "text/") ]]
then
encoding=$(echo $typefile | cut -d'=' -f2);
if [[ $encoding != "utf-8" ]]
then
if [[ -n "$(iconv --list | grep -i $encoding)" ]]
then
# Cambia la codificación
tempfile2=`tempfile 2>/dev/null` || tempfile2=/tmp/test$$
trap "rm -f $tempfile2" 0 1 2 5 15
iconv --from-code=$encoding --to-code=utf-8 "$filename" > $tempfile2
mv -f $tempfile2 "$filename"
echo "$filename: $encoding -> utf8";
fi
fi
fi;
done;

exec 3<&-

El código del script lo puedes encontrar aquí:

http://www.liberaliatempus.com/articulos/linux/conversion-de-archivos-a-...

Muchas gracias Anonimo, con Codificacion de texto de subtitulos => ISO-8859-1 he conseguido resolver el problema de ciertas lineas de subtitulos q no se veian en VLC de manera rapida y sencilla, ufff ya puedo sentarme a disfrutar de una buena peli ; )

Gracias por la respuesta, yo tb solucione el problema.

La masa facil y sin tener que ponerse a cambiar nada de los archivos. Muchas gracias ;)

No se si mi version de VLC sea diferente, asi que por si las moscas dejo la ruta como la encontre yo:

Menu Opciones -> Preferencias

Entrada/Codecs -> Otros Codecs -> Subtitulos

Codificación de Texto de Subtitulos: ISO-8859-1