canviar de Fat a ext3

Vale finalmente resolvi el problema que tenia con aquellas particiones, pero como bien ma echo entender un amigo mejor que las deje en un formato nativo de linux para asin tener mas dominio de los archivos (propietario i permisos).

Ahora mi duda es... Como se reformatea una unidad?

Y otra cosa, que tipo de particionado es mejor ext3, o reifer, o cualquier otra que me querais comentar :P

Gracias