Bueno... en vista que nadie me ha contestado y que ya encontré la solución, la pongo por si acaso.

Al parecer este comportamiento del portapapeles de linux está hecho ya a posta.

En Windows los datos copiados de una aplicación se guardan en memoria, lo cual causa un descenso del rendimiento del sistema a la hora de trabajar con grandes cantidades de datos en el portapapeles. En Linux, en cambio, la aplicación simplemente informa al sistema de que los datos que queremos guardar en el portapapeles se han copiado (eso sí, sin almacenarlos en memoria), obteniéndose como ventaja que el rendimiento del sistema no se resienta (entre otras cosas).

Desgraciadamente, esto también implica que en el sistema Linux, cuando se copian datos desde una aplicación y que luego cerremos ésta, el contenido del portapapeles se pierda (estos es lo que me pasaba a mí).

Ante esto podemos hacer dos cosas:

1.)cambiar nuestra pauta de trabajo en linux para adaptarnos a esto y sacar partido de las ventajas que este sistema de trabajo entraña.

2.) Usar alguna aplicación para modificar el comportamiento del portapapeles de Linux. Entre las aplicaciones que existen, os comento un par.

Una de ellas es GNOME Clipboard Daemon de Hongli Lai, que a pesar de su nombre no requiere de Gnome, solo depende de GTK+ 2. Basta ejecutarla al inicio para que el portapapeles trabaje de forma similar a como trabaja Windows.

La otra, y para mí, creo que la más interesante: GLIPPER (versión Gnome de Klipper de KDE). Se trata de un applet que no es más que un gestor de portapapeles que ofrece más opciones además del comportamiento "Windowsero" que buscamos.

http://www.linuxparatodos.net/geeklog/article.php?story=20061218234859204

http://www.guia-ubuntu.org/index.php/Glipper

De momento yo me he decantado por la opción de cambiar mi sistema de trabajo porque las ventajas que entraña me compensan.

Bueno, un saludo!

"La perseverancia es un árbol de raíces amargas, pero de frutos muy dulces."