Como instalar Molekel en Ubuntu

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Instalacción de Molekel 4.3 en Ubuntu

1. Obtener Molekel (molekel*.linux.tar.gz) en: ftp://ftp.cscs.ch/out/molekel/molekel_4.3/molekel4.3.linux.tar.gz

2. Descomprimir :
$ tar xzvf molekel4.3.linux.tar.gz

con esto se genera el directorio molekel/

3. En el directorio molekel/bin/ movemos todos los archivos a /usr/local/bin:
$ sudo mv * /usr/local/bin

4. En el directorio de molekel/ movemos la carpeta /lib a /usr/local/lib:
$ sudo mv lib/ /usr/local/lib/molekel

5. Tenemos un problema con la librería libtiff.so.3, ya que en Ubuntu está la versión 4, por lo que ejecutamos:

$ sudo apt-get install libtiff4 libtiff-tools libtiffxx0c2 libtiff-opengl

$ sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

6. Necesitamos la librería libstdc++-libc6.1-2.so.3.
Puedes descargarla en: http://www.pxh.de/fs/gsmlib/download/libstdc++-libc6.1-2.so.3.gz
y para instalar ejecutamos:

$ gunzip libstdc++-libc6.1-2.so.3.gz
$ sudo cp libstdc++-libc6.1-2.so.3 /usr/lib
$ sudo chmod a+rx /usr/lib/libstdc++-libc6.1-2.so.3
$ sudo ldconfig

7. Escribimos en una terminal la palabra: molekel.

Molekel 4.3 ha sido probado en Ubuntu 6.10, 7.04 y 7.10.

 

Gracias a la aportación de Nancy Peralta, Guanajuato, México.

Comentarios

Imagen de kelp

Hola Greg,

te he editado el título para quitar las mayúsculas, pues en internet equivalen a gritar.

Un saludo 

 


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Mi Blog: Aceitunas sin hueso

 

Las tres cosas más peligrosas del mundo son: un programador con un soldador, un ingeniero de hardware con un parche de software y un usuario con una idea

Imagen de kanamor

Pregunta tonta... ¿Para que sirve?

 

Me respondo a mi mismo

 

Molekel is an opensource (GPL) multiplatform molecular visualization program being developed at the Swiss National Supercomputing Centre (CSCS).

Version 5.0 has been released on December 21st 2006 and is an almost complete rewrite of Molekel 4.x. Check out the News and file release section for updates.

Some of the features available in the new version are:

  • Multiplatform: Mac OS X, Windows, Linux
  • Completely redesigned UI
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
    • Orbitals
    • Iso-surface from density matrix
    • Iso-surface from Gaussian cube grid data
    • SAS
    • SES
    • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Export to PostScript
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
  • Fully Doxygen-commented source code.

 

 

 

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Imagen de DanielG007

Muy interesante para gente como yo que estudia química, he visto que en la web del proyecto está la versión 5.1, he estado investigando como se instala pero he sido incapaz, está en inglés y a parte hayq ue hacer algunas operaciones que no domino.

 ¿Has intentado instalarlo Greg?

Existen sólo dos cosas infinitas, el Univero y la estupidez humana y de lo primero no estoy muy seguro {Albert Einstein}

Imagen de DanielG007

Despues de seguir tu manual sigo teniendo problemas con libtiff, al intentar arrancar el programa me da el siguiente mensaje:

 dani@amd64:~/Desktop/molekel (2)$ molekel
/usr/local/bin/molekel4.3.linux: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

Alguna sugerencia? 

Existen sólo dos cosas infinitas, el Univero y la estupidez humana y de lo primero no estoy muy seguro {Albert Einstein}

Imagen de greg1973

El problema es que no encuentra el archivo libtiff.so.3

ve a /usr/lib y comprueba que esta ahi, sino algo paso en la instalación

saludos

 

Imagen de DanielG007

He repetido el proceso, configurando el archivo libtiff.so.3 para que apunte al archivo libtiff.so.4.2.1 que es el que instala mi ubuntu ya que el libtiff.so.4 al que haces referencia me aparece como enlace cirecto al 4.2.1, y obtengo este mensaje de error:

dani@amd64:~$ molekel
bash: /usr/local/bin/molekel: no se puede ejecutar el archivo binario

¿Me imagino que ser´a por utilizar la version de 64 bits no? 

Existen sólo dos cosas infinitas, el Univero y la estupidez humana y de lo primero no estoy muy seguro {Albert Einstein}

Imagen de greg1973

Que raro, al parecer no tienes permisos de ejecución, intenta:

$ sudo chmod +x /usr/local/bin/molekel

En cuanto a la última versión de molekel, ya le eche un vistazo y estoy igual, esta muy rara la instalación.

Lo que ya hize fue instalar molekel 4.3 en Ubuntu 6.10 con éxito

Suerte 

Imagen de DanielG007

He probado a cambiarle los permisos con el comando que comentas pero sige dando el mismo problema, no se creo que debe ser de mi version de 64 bits hay muchos programas que no van.

 Por cierto, se puede compilar en un deb en 64 bits para instalarlo directamente?

Existen sólo dos cosas infinitas, el Univero y la estupidez humana y de lo primero no estoy muy seguro {Albert Einstein}

Imagen de Hoffhile

Saludos a todos, yo también tengo el mismo problema de DanielG007 y del mismo modo pienso que debe ser por el AMD 64; normalmente por ser de 64 he tenido varios inconvenientes ¿Cuál es mejor entre Molden y Molekel? Estoy intentando instalar los dos.

 

Gracias si pueden resolver este problema.

Imagen de greg1973

Necesitamos un programita que resuelva dependencias de archivos binarios: getlibs. Para instalarlo ejecutamos en terminal:

 

$ wget -q http://www.boundlesssupremacy.com/Cappy/getlibs/getlibs
$ chmod +x getlibs
$ sudo mv getlibs /usr/bin
Luego obtenemos las librerias para 32 bits  y le ponemos el link suave:
$ getlibs -32 libtiff.so.4
$ sudo ln -s /usr/lib32/libtiff.so.4 /usr/lib32/libtiff.so.3
¡Y listo!. Disculpen por la tardanza, peno no había tenido la oportunidad de instalar molekel en Ubunta 64bits 
 Y para que funcione Molden en AMD64:
$ sudo apt-get install libg2c0
$ getlibs -32 libg2c.so.0

Imagen de DanielG007

Muchas Gracias por tu aportación , lo probaré en cuando pueda.

Por cierto, hay versiones de este software 5.x, he estado investigando un poco en los manuales de instalación y parece que hay dos proyectos uno el ''oficial'' y uno de ''bioinformatics'', he estado mirando ambos pero he sido incapaz de instalar ninguno de los dos, no soy un usuario experto...

¿Alguien ha podido?

 

Existen sólo dos cosas infinitas, el Univero y la estupidez humana y de lo primero no estoy muy seguro {Albert Einstein}

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Imagen de greg1973

1.- Bajamos el archivo comprimido: http://www.bioinformatics.org/download.php/molekel/molekel_5_2_0_linux_x...

2. Descomprimimos el archivo y le podemos cambiar el nombre para que no esté tan largo, por ejemplo lo llamaremos molekel_5_2 .

3. Entramos a este nuevo directorio y creamos un scrip con cualquier editor por ejemplo:

$ gedit molekel52

y le agregamos lo siguiente:

#!/bin/sh
export LD_LIBRARY_PATH=/home/usuario/molekel_5_2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#launch molekel
/home/usuario/molekel_5_2/bin/Molekel

donde usuario es obviamente tu nombre de usuario, si descomprimiste molekel en otra ruta debes poner la ruta completa.

4. Guardamos, cerramos y le damos permisos de ejecución a este nuevo script. (en este ejemplo: chmod +x molekel52)

5. Instalamos una libreria que necesita el programa:

$ sudo aptitude install libpng3

6. Ejecutamos el programa:

$ ./molekel52

6. Si quieres puedes copiar este script al /usr/bin para que lo puedas ejecutar desde cualquier directorio.

7.Para AMD64 instalas las librerias que te vaya pidiendo el grograma con getlibs como en molekel4.3