Descargamos MediaCoder: http://www.mediacoderhq.com/download.htm
Lo instalamos en windows o en linux, para poder instalarlo en linux debemos instalar primero wine.
Luego al ejecutarlo, add agregan el video, abajo en audio escogen vorbis y al lado en video el formato Theora. Pueden escoger una carpeta de salida.
Segundo: Reproduzcanlo con media player classic, si no tienen el codec, instálenlo: http://ogg-codecs-for-windows.uptodown.com/
El ícono del video en formato theora es un pescado amarillo aletas azules.
Notas:
Avidemux y Virtualdub no convierten a Theora.
Vlc puede no abrir el video Theora, asi que se reproduce bien con media player classic.
Si! Al codec de video libre. Sí a Theora.