Imagen de unomesmo
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Por si a alguien más le pasa y se vuelve loco buscando la solución como yo, aquí pongo la que me funcionó a mi:

En el CCSM (o Sistema>Preferencias>Administrador Opciones Compiz) habilitar en General - Gnome Compatibility las opciones Mostrar menú principal (alt+F1) y Ejecutar dialogo (alt+F2). Esta última es la que afecta al applet Ejecutar un comando del gnome.

Salu2

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