Problema al arrancar tomcat desde terminal

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Hola comunidad.

Les comento que hice un pequeño sistemita usando algo de jsp y un par de clases java que las tengo en un paquete , las cuales uso haciendo inludes (page import="paquete.miclase")(*) en los jsp (solo jsp no uso servlets).
Para este sistema he usado Eclipse y el plugin de sysdeo para tomcat; la cosa es que hasta ahora no he tenido problemas ya que siempre arrancaba el tomcat desde el plugin y podia probar mi sistema sin problemas, pero ahora tengo que ponerlo en marcha y ahi sale el problema, cuando arranco el tomcat desde terminal este arranca sim de forna normal, puedo entrar al administrador de proyectos de tomcat, en fin todo parce estar funcionado bien, incluso carga el archivo index de mi sistema, pero cuando trato de utilizar las demas funciones nada de nada, me dice que no encuentra los paquetes, ni las clases ni los jar extra, intente buscar otra forma de arrancar el tomcat, pero se que este no maneja algun tipo de class path como lo hace javac.

por favor si alguien me pude dar una mano estaria muy agradecido

pd: estoy usando ubuntu 8.04, tomcat 6.0.14, java 6.0 y eclipse 3.3.2
(*) he sacado los tag de jsp ya que al enviarlo no me ponia el contenido de estos

saludos